روشهای بیوفوتونیک بومی سازی شفاف مناطق آسیب دیده را امکان پذیر می سازد: توموگرافی انسجام نوری (OCT) از اشعه لیزر برای تعیین خواص ماده استفاده می کند زیرا لیزر به عمق لایه های بافت انسانی نفوذ می کند و اطلاعاتی در مورد پیشرفت وضعیت پزشکی از طریق تصویربرداری ارائه می دهد. حتی کوچکترین علائم موجود در بافت را می توان با میکروسکوپ مبتنی بر لیزر در ارتباط با فناوری فلورسانس تشخیص داد و باعث تسهیل در مراحل اولیه پیشرفت شد. این همچنین به جلوگیری از جراحی های غیرضروری و خطرات مرتبط با آن کمک می کند.
علاوه بر این ، برخی از شرایط پزشکی با سیستم های لیزر درمانی قابل درمان است: مناطق کاربردی از چشم پزشکی و لانه گزینی گرفته تا تحقیقات در مورد آلزایمر ، متابولیسم سلولی ، تحقیقات سلول های بنیادی و حتی بیولوژی تومور. به عنوان مثال ، دانشمندان LMU مونیخ در حال تحقیق در مورد تخریب هدفمند تومورهای مغزی با استفاده از روش فتودینامیکی هستند که جایگزین جراحی برداشتن مناطق سرطانی می شود.